Loja es una localidad granadina situada a 53 kms. de la ciudad y se encuentra a mitad de camino entre Granada y Málaga, como queriendo simbolizar la trayectoria del P. Zegrí, que desde Granada y Huétor Santillán pasó a Loja y de aquí a Málaga.

El 12 de diciembre de 1864 el arzobispo de Granada, don Salvador José de Reyes García de Lara confía al P. Zegrí la parroquia de San Gabriel de Loja, en calidad de cura ecónomo. El 21 de octubre de 1865 se le concede el título de párroco.

En Loja se vivía una época de agitación política, relajación de costumbres y creciente descreimiento. Valga como ejemplo el levantamiento del campesinado con Pérez del Álamo al frente (1861).

Durante el tiempo que permaneció en Loja, tras abandonar los cargos que ostentaba en el Colegio Mayor San Bartolomé y Santiago desempeñó otros que se le fueron otorgando:

• Es nombrado vocal de la Junta municipal de Instrucción primaria en Loja.
• Examinador sinodal (noviembre 1865). Cura castrense (mayo 1865). Arcipreste de Loja (febrero 1866). Predicador supernumerario de la Reina (abril 1866).

Durante el tiempo en que el P. Zegrí fue párroco de San Gabriel se termina de construir la torre de la iglesia, que carecía de cúpula. Esto ocurría en el año 1867, como se puede apreciar en un grabado que hay en la pared de la torre.